腸内細菌　善玉菌と悪玉菌

腸内細菌の中で善玉菌と呼ばれるものには、ビフィズス菌に代表されるBifidobacterium属や、乳酸桿菌と呼ばれるLactobacillus属の細菌など乳酸や酪酸など有機酸を作るものが多く、悪玉菌にはウェルシュ菌に代表されるClostridium属や大腸菌など、悪臭のもととなるいわゆる腐敗物質を産生するものを指します。また、悪玉菌は二次胆汁酸やニトロソアミンといった発癌性のある物質を作ります。悪玉菌の多くは有機酸の多い環境では生育しにくいとされています。
腸内細菌叢のバランスを変化させることによってヒトの健康改善につながるという考えが支持されるようになり、日本では、科学的根拠がある特定保健用食品（トクホ）には食品の機能の表示が認可されています。認可された食品はヨーグルトとして乳酸菌を含んでおり、食品の摂取によって便秘や下痢の改善、善玉菌に分類される菌が増殖し有機酸が増え、悪玉菌が減少しアンモニアが減ったため腸内環境が改善されたことを示す研究結果があります。
生きたまま腸内に到達可能な乳酸菌（プロバイオティクス）や、腸内の善玉菌が栄養源に利用できるが悪玉菌は利用できない物質（オリゴ糖など、プレバイオティクス）を、製剤や機能性食品として用いることが考案され、多くの製品が開発・実用化されています。

※腸内細菌叢（ちょうないさいきんそう）
腸内細菌がヒトや動物が摂取した栄養分の一部を利用して生活し、他の種類の腸内細菌との間で数のバランスを保ちながら、一種の生態系を形成すること。腸内常在微生物叢、腸内フローラとも呼ぶ。